Rebaixamento de 2013
Ao final do Campeonato Brasileiro de 2013, a Portuguesa não seria rebaixada para a segunda divisão, porém o Fluminense (time que seria rebaixado) entrou com processo contra a Lusa. O time carioca afirmava que na partida contra o Grêmio a Portuguesa havia escalado um jogador irregularmente. Depois de muitos recursos de ambas as partes, a Justiça tomou decisão favorável ao Fluminense. Como punição, a Portuguesa perdeu 4 pontos e foi rebaixada para série B do Campeonato Brasileiro.
Rebaixamento de 2014
Após uma queda dramática no ano anterior, da série A para série B do Campeonato Brasileiro, a Portuguesa seguiu com seu baixo rendimento e em 2014 foi rebaixada com cinco rodadas de antecedência, acredite se quiser, a derrota para o Oeste acabou com possibilidades de escapar da zona da degola. Vale destacar que essa foi a primeira vez em que a Portuguesa chegou na série C do Campeonato Brasileiro.