Rebaixamento de 2013
Ao final do Campeonato Brasileiro de 2013, a Portuguesa não seria rebaixada para a segunda divisão, porém o Fluminense (time que seria rebaixado) entrou com processo contra a Lusa. O time carioca afirmava que na partida contra o Grêmio a Portuguesa havia escalado um jogador irregularmente. Depois de muitos recursos de ambas as partes, a Justiça tomou decisão favorável ao Fluminense. Como punição, a Portuguesa perdeu 4 pontos e foi rebaixada para série B do Campeonato Brasileiro.
Rebaixamento de 2014
Após uma queda dramática no ano anterior, da série A para série B do Campeonato Brasileiro, a Portuguesa seguiu com seu baixo rendimento e em 2014 foi rebaixada com cinco rodadas de antecedência, acredite se quiser, a derrota para o Oeste acabou com possibilidades de escapar da zona da degola. Vale destacar que essa foi a primeira vez em que a Portuguesa chegou na série C do Campeonato Brasileiro.
Rebaixamento de 2016
Mais uma vez a lusa decepcionou seus fanáticos torcedores, na partida contra o Tombense. Com a derrota, a Portuguesa foi mais uma vez rebaixada, agora para A série D do Campeonato Brasileiro (esta é a última divisão da competição). Além do rebaixamento, a Portuguesa ainda tem de lidar com uma gravíssima crise financeira que está presente no clube até hoje.
Rebaixamento de 2017
A crise no time paulista só aumenta. Jogando na série D do Campeonato Brasileiro, a Portuguesa perdeu para Desportiva Ferroviária e simplesmente não possui divisão nacional para disputar. Resta para a lusa apenas os campeonatos do estado.
Crise econômica
Segundo o jornalista Jorge Nicola, a Portuguesa possui dívidas de cerca de R$ 300 milhões. Algumas das taças do time paulista foram penhoradas. Nicola ainda afirma que umas das poucas saídas para a lusa quitar suas dívidas seria a venda de seu estádio, o Canindé.
Cenário estadual
Sem divisão para disputar no Campeonato Brasileiro, resta para a Portuguesa disputar os campeonatos do estado de São Paulo. Em 2019 ela disputa a série A2 do Paulista, porém corre sérios riscos de cair para a terceira divisão estadual.
Em jogo parelho no Canindé, a Lusa atuou melhor e conseguiu sair com a vitória pelo placar de 1 a 0 em cima do Nacional, gol anotado por A. Cavalo.
— Portuguesa (@Lusa_Oficial) 10 de março de 2019
Com sua segunda vitória no Paulista A2, a Rubro-verde agora tem 11 pontos e está na 13a. posição.
📷Ronaldo Barreto/Portuguesa pic.twitter.com/lc1YyukjZQ