Armação Ilimitada
Em 1985, o ator estreou no seriado Armação Ilimitada, da Rede Globo, onde atuou ao lado do irmão Jonas Torres.
Minissérie Desejo
Em 1990, Caio Junqueira, com 13 anos, participou da minissérie Desejo, ainda na Globo, e contracenou com grandes atores, como Tarcísio Meira.
Hilda Furacão
Com 21 anos de idade, o ator participou da minissérie Hilda Furacão, exibida pela Rede Globo em 1998, e dividiu cena com Danton Mello.
Novela Malhação
Ainda em 1998, Caio Junqueira interpretou o personagem Pururuca em Malhação e atuou como um cadeirante, jovem gênio em informática, que ficou paraplégico após ser vítima de um erro médico.
Desejo Proibido
O último trabalho do ator na Rede Globo aconteceu em 2007, com sua participação na novela Desejo Proibido.
Escrava Isaura
Em 2004, Caio estreou na RecordTV no remake da novela Escrava Isaura, onde ganhou destaque ao interpretar o abolicionista Geraldo.
Tropa de Elite
Em 2007, o ator ganhou as telas do cinema ao interpretar o aspirante Neto Gouveia, um dos personagens centrais da trama do filme Tropa de Elite.
A Lei e o Crime
No ano de 2009, Caio voltou a trabalhar em novelas da Record TV e se destacou na minissérie A Lei e o Crime.
Ribeirão do Tempo
Ainda na Record TV, Junqueira trabalhou na novela Ribeirão do Tempo, no ano de 2010, e fez par romântico com a atriz Bianca Rinaldi.
José do Egito e Milagres de Jesus
Caio Junqueira também trabalhou como ator nas famosas produções bíblicas da Record TV: José do Egito (2013) e Milagres de Jesus (2014).
O Mecanismo
O trabalho mais recente de Caio Junqueira aconteceu no ano passado, quando o artista atuou na série O Mecanismo, produzida pela Netflix.