A limnologia estuda os diversos tipos de águas interiores, embora originalmente desenvolvida com o objetivo de estudar os lagos, atualmente abrange lagoas, lagunas, reservatórios, rios, riachos, represas, brejos, áreas inundáveis, águas subterrâneas e nascentes. O trabalho desses pesquisadores se traduz numa importante base de informações referentes as dimensões, concentração de sais, comunidades bióticas, entre outras, que subsidiam os gestores ambientais na compreensão e alternativas de solução dos problemas decorrentes de ações humanas que afetam os ecossistemas aquáticos.
Visto que a preservação dos recursos hídricos é imprescindível para as atividades pesqueiras, agrícolas e industriais e, sobretudo, para a sobrevivência da vida.
A vulnerabilidade da qualidade ambiental dos ecossistemas aquáticos continentais requer um esforço de pesquisa direcionado ao conhecimento da estrutura e funcionamento desses ambientes. A crescente deterioração da qualidade da água doce e a redução de sua disponibilidade encontram na limnologia sólidas teorias e ferramentas para contribuir na compreensão e na solução desses problemas.
Os ambientes lacustres, basicamente, são depressões preenchidas com água e sedimentos provenientes do ambiente terrestre, ao longo do tempo geológico, somado a um fluxo de energia e a ciclagem de nutrientes, que promovem o aumento da produtividade dos lagos.
As alterações antrópicas aceleram o envelhecimento desses sistemas aquáticos podendo modificar a composição da biota. O uso e ocupação do solo, a remoção da vegetação nativa, a agricultura, a pecuária, a urbanização, a poluição difusa e o lançamento de efluentes domésticos e industriais têm aumentado os fluxos de sedimentos e de nutrientes e, consequentemente, a produtividade dos ecossistemas aquáticos.
Esse processo é chamado de eutrofização.
A identificação dos organismos (riqueza de espécies), sua abundância absoluta e biovolume, por exemplo, somados ao levantamento dos aspectos físicos e químicos, permite concluir com muito mais propriedade e segurança do que apenas com os necessários dados físicos e químicos da massa de água ou sedimento.
Também é fundamental para complementar o estudo limnológico, não só quantificar as concentrações de metais, cianotoxinas, substâncias emergentes (como fenol e bisfenol), ou outros compostos, mas são necessárias informações sobre o potencial efeito tóxico dessas substâncias.
Além da vocação natural aos estudos ecológicos relacionados à estrutura, função e dinâmica dos ecossistemas aquáticos, essas competências conferem ao limnólogo a obrigatoriedade para compor qualquer equipe multidisciplinar responsável pela gestão, monitoramento e manejo de reservatórios, em particular nas empresas de saneamento básico, carentes da atuação desses profissionais em seus quadros funcionais, pois em sua grande maioria as pesquisas em limnologia ainda são conduzidas nas universidades ou institutos de pesquisas públicos brasileiros.
Dessa forma, as pesquisas deveriam subsidiar ações de manejo e restauração empreendidas na massa de água, sedimento e na bacia de captação, direcionando políticas publicas relativas aos usos e ocupação dos espaços na área da bacia de drenagem do reservatório. Porém, o que percebemos no cotidiano e, com mais ênfase, nas aulas de campo, é a incapacidade de se implementar projetos devido ao jogo de poderes - que coloca os recursos econômicos em detrimento dos recursos naturais - e o estado inconsciente da população - cego, maquinal e involuntário. Hoje já são conhecidas diferentes maneiras de utilizar os recursos hídricos de forma a causar menos impactos a esses ecossistemas, contudo tais medidas foram pouco adotadas pela sociedade.
